مرجعيت شيعي پس از سيد بحرالعلوم به شيخ جعفر كاشف الغطاء سپرده شد. در زمان زعامت كاشف الغطاء او در چهار جبهه به مبارزه پرداخت. دو نحله فكري و دو جبهه جنگ.
مبارزه با اخباري گري
وي از شاگردان وحيد بهبهاني بود. وحيد بهبهاني آغازگر مبارزه با تفكر اخباري گري در فقه شيعي بود و توانست دوباره به تفكر اصولي رونق دهد. پس از وحيد شاگردان وي هم چنان اين مبارزه را ادامه دادند. در زمان كاشف الغطاء ميرزا محمد اخباري پرچمدار تفكر اخباري بود و با توجه به تسلط در علوم غريبه به درگاه فتحعلي شاه قاجار نيز راه يافته بود. ميرزا محمد چند كتاب در رد كتب اصولي نوشت و به فقها غيراخباري دشنام و توهين مي كرد. شيخ جعفر كاشف الغطاء در برابر اتهامات و ادعاهاي ميرزا محمد كتابي در رد وي نوشت به اسم كشف الغطاء عن معايب ميرزا محمد عدو العلماء. اين كتاب غير از آن كشف الغطاء معروف شيخ است كه در فقه نوشته شده است. پيش از اين نيز كاشف الغطاء كتاب حق المبين را در تبيين انديشه اصولي و رد تفكر اخباري نوشته بود.
مبارزه با تفكر وهابي
محمد اين عبدالوهاب معاصر شيخ جعفر كاشف الغطاء بود. وي با احياء آراء ابن تيميه و با تعامل با محمد بن سعود؛ جد آل سعود تفكر وهابي را گسترش داد. وهابيت با شعار دفاع از انديشه توحيدي و نفي شرك به مبارزه با ديگر فرق اسلامي پرداخت. عالمان شيعه و سني در برابر تفكر وهابي موضع گرفتند. نخستين كتاب عليه تفكر وهابي را برادر محمد ابن عبدالوهاب با نام الصواعق الالهيه في الرد الوهابيه نوشت.
نخستين كتابي كه از طرف عالمان شيعه بر رد عقايد وهابي نگاشته شد، منهج الرشاد است كه شيخ جعفر كاشف الغطاء نگارنده آن است. وي اين كتاب را در پاسخ رساله اي كه يكي از اميران آل سعود به نام عبدالعزيز ابن سعود براي او فرستاده بود، نوشت و در آن مجموعه عقايد محمد ابن عبدالوهاب را جمع كرد. اين كتاب در سال 1343 قمري در نجف چاپ شد.
مبارزه مسلحانه با هجوم وهابيت
با گرايش ابن سعود به وهابيت، محمد ابن عبدالوهاب به وي نويد تسلط بر همه شبه جزيره را داد. با كافر حربي خواندن ديگر مسلمين به آنان يورش بردند و در نجد و يمن و حجاز و سوريه و عراق جنگ هايي را راه انداختند. محمد ابن عبدالوهاب در سال 1206 مرد، اما پيروانش اين جنگ ها را ادامه دادند. در سال 1216 امير سعود با بيست هزار نفر به كربلا حمله ور شد و با غلبه بر مدافعان شهر بيش از پنج هزار نفر را كشت و خزانه هاي حرم اباعبدالله را غارت كرد. اين حمله در حالي انجام شد كه بسياري از اهالي كربلا در عيد غدير به نجف اشرف رفته بودند.
سعودبن عبدالعزيز، پس از قتل و غارت در كربلا، متوجه نجف اشرف گرديد و آن را محاصره كرد و تعدادي از مردم نجف را به قتل رساند. نخستين اقدام مردم نجف اين بود كه خزانه حرم امير مؤمنان علي(ع) را به بغداد منتقل ساختند تا مانند خزانه حرم نبوي به غارت نرود. پس از آن آماده دفاع از وطن و جان خود شدند. رهبر مردم در دفاع از شهر نجف، عالم بزرگ شيعه «علامه شيخ جعفر كاشف الغطاء» بود كه علماي ديگر نيز او را ياري مي كردند. تعداد وهابيان مهاجم به نجف 15000 تن بودند كه 700 نفر از آنان به هلاكت رسيدند و بقيه به ناچار از شهر عقب نشستند و به غارت نواحي و اطراف پرداختند.
پس از اين حادثه براي اينكه نجف اشرف از هر گزندي مصون بماند، شيخ جعفر اقدام بـه ساختن سور نجف [ديواري بزرگ دراطراف نجف اشرف] نمود و محمد حسن خان صدر اصفهاني به دستور آن بزرگوار كار ساختماني اين سور مهم را به عهده گرفت و بنا كرد.
مبارزه با روس ها در حمله به ايران
در هنگام جنگ روس و ايران شيخ جعفر كاشف الغطاء با توجه به مقام خود به مردم فرمان داد تا در برابر روس ها بايستند و نيز مقام فرماندهي جنگ را به عنوان نايب امام عصر در اختيار فتحعلي شاه قرار داد.
«من اگر مجتهد هستم و قابليت نيابت از سادات زمان را دارم به سلطان ابن سلطان، خاقان ابن خاقان مويد به عنايت خداي منان فتحعلي شاه كه خدا سايه او را بر سر مردم مستدام بدارد اذن مي دهم كه آنچه براي هزينه جنگ و سركوبي اهل كفر طغيان نياز دارد، از خراج و درآمد زمين هاي مفتوحة العنوه و نظير آن و نيز زكات طلا و نقره و جو و… بگيرد و… به هر مسلماني واجب است امر سلطان را اطاعت كند.»
خدا قوت
رضوان الهي بر روح پر فتوح شيخ جعفر کاشف الغطا و تاييدات و توفيقات بيشتر الهي براي شما بزرگواران
ياعلي مدد